Esta iglesia alberga la imagen original del Jesús de la Misericordia que Santa Faustina encargase al pintor polaco Eugeniusz Kazimirowski
Entonces, la iglesia pertenecía a la universidad local, y uno de sus párrocos fue el rector de la universidad de Vilnius, el célebre astrónomo y matemático jesuita Martynas Počobutas. En 1821, poco después del rectorado de Počobutas, quien murió en 1810, las autoridades zaristas convirtieron el templo en una iglesia ortodoxa rusa. Cien años más tarde, en 1920 fue devuelta a los católicos, pero durante la época de la ocupación soviética la iglesia fue abandonada forzosamente.
No fue sino hasta el Domingo de la Misericordia del 18 de abril de 2004, bajo el cuidado del Cardenal Audrys Juozas Bačkis, cuando la iglesia fue restaurada y consagrada, y se le dio el título de Santuario de la Divina Misericordia.
En una de las visiones de Santa Faustina, Jesús le había expresado a su deseo de que la imagen fuese expuesta en un lugar de honor: en el altar mayor de la iglesia.
En su pintura, Eugenio Kazimirowski representa a Jesús exactamente como la hermana Faustina lo vio, en sus visiones místicas. En ella, Jesús, vestido de una túnica blanca, mantiene su mano derecha levantada para bendecir a los que le miran. Después de que Kazimirowski concluyó la imagen del Jesús Misericordioso, en junio de 1934, ésta se mantuvo entre guardada y expuesta en el corredor del convento de las hermanas Bernardinas, junto a la iglesia de San Miguel, donde el P. Miguel Sopocko, el director espiritual de Santa Faustina, era rector. En una de las visiones de Santa Faustina, Jesús le había expresado a su deseo de que la imagen fuese expuesta en un lugar de honor: en el altar mayor de la iglesia. Así, el primer lugar en el que la imagen del Jesús Misericordioso fue venerada públicamente fue en la capilla de Su Madre Misericordiosa, llamada “La Puerta de la Aurora”.
En abril de 1935, durante los tres días previos al primer domingo después de Pascua, la imagen fue honrada por una multitud de fieles que acudieron al lugar. Esta ocasión también marcó la clausura del Año Jubilar de la Redención del mundo, al cumplirse mil novecientos años de la Pasión, Muerte y Resurrección de Jesús. Unos pocos años después, en 1937, el primer domingo después de Pascua –la fecha en la que ahora celebramos el Domingo de la Misericordia- la imagen fue colgada en la Iglesia de San Miguel de Vilnius, al lado del altar principal hasta 2004.